¿Qué es SNPSNP y cómo detectarlo?
Las diferencias en la secuencia del genoma incluyen inserciones y eliminaciones de bases, SNP, microsatélites, etc. El SNP es solo el más común.
Introducción a los métodos de detección de SNP;
1. Método de sonda TaqMan: diseñe cebadores de PCR y sondas TaqMan para diferentes sitios de SNP en el cromosoma y realice una amplificación por PCR de fluorescencia en tiempo real. El extremo 5' y el extremo 3' de la sonda están marcados con un fluoróforo indicador y un fluoróforo extintor, respectivamente.
Cuando hay un producto de PCR en la solución, la sonda se hibrida con la plantilla para producir un sustrato adecuado para la actividad exonucleasa, escindiendo así la molécula fluorescente unida al extremo 5' de la sonda de la sonda. Abajo, destruye el PRET entre las dos moléculas fluorescentes y emite fluorescencia. Generalmente se utiliza para analizar una pequeña cantidad de sitios SNP.
2. Método de instantánea: esta tecnología fue desarrollada por Applied Biotechnology, Inc. (ABI). Es una tecnología de tipificación basada en el principio de extensión de una sola base marcada con fluorescencia. También se llama secuenciación pequeña. dirigido principalmente al proyecto de tipificación SNP de rendimiento medio.
En un sistema de reacción que contiene una enzima de secuenciación, cuatro ddNTP marcados con fluorescencia, cebadores de diferentes longitudes que se extienden cerca del extremo 5' del sitio polimórfico y plantillas de productos de PCR, los cebadores terminan cuando se extienden en una base. Utilice el secuenciador ABI para detectar;
Según la posición de cambio del pico, se puede determinar el sitio SNP correspondiente al producto de extensión. Según el color del pico, se puede conocer el tipo de base incorporada. , determinando así el genotipo de la muestra. La plantilla para el producto de PCR se puede obtener mediante un sistema de reacción de PCR múltiple. Normalmente se utiliza para analizar entre 10 y 30 sitios SNP.
Datos ampliados:
Características de SNP:
1 y SNP son numerosos y están ampliamente distribuidos. Se estima que hay un SNP por cada 1.000 nucleótidos en el genoma humano, y hay más de 3 millones de SNP en los 3 mil millones de bases humanas. Los SNP están repartidos por todo el genoma humano. Según la posición de los SNP en los genes, los SNP se pueden dividir en tres categorías: SNP de la región codificante del gen, SNP periféricos del gen y SNP intergénicos.
2.SNP es adecuado para el cribado rápido a gran escala. Aunque existen cuatro bases que forman el ADN, el SNP generalmente sólo consta de dos bases, por lo que es un marcador binario, es decir, bialélico. Debido a la naturaleza binaria de los SNP, los SNP a menudo solo requieren un análisis +/- en el cribado del genoma, sin analizar la longitud del fragmento, lo que favorece el desarrollo de tecnología automatizada para cribar o detectar SNP.
3. Estimación simple de la frecuencia de alelos de SNP. El uso de muestras agrupadas para estimar las frecuencias alélicas es una estrategia rápida y eficaz. El principio de esta estrategia es: primero seleccionar una muestra de referencia para hacer una curva estándar, luego comparar la muestra mixta que se va a analizar con la curva estándar y determinar la frecuencia de varios alelos en la muestra mixta en función de la proporción de las señales obtenidas. .
Enciclopedia Baidu-SNP Genotipado
Enciclopedia Baidu-SNP (abreviatura de polimorfismo de un solo nucleótido)