Práctica 1 de una sola celda: fusionar dos muestras

Desde leer la matriz de expresión hasta crear el objeto Seurat, todo se hace en el servidor (el archivo es demasiado grande)

Después de crear el objeto Seurat, guarde la imagen y luego transfiérala a la computadora para su operación. .

Lectura de matriz de expresión

Al convertir data.frame a matriz, se encontró un error

Motivo: memoria insuficiente de la computadora

Solución de macro : Abrir Terminal

Paso 1: Abrir Terminal,

Paso 2:

cd?

tocar .Renviron

Abra .Renviron

Paso 3: Guarde el siguiente contenido como primera línea de .Renviron:

< pre> R_MAX_VSIZE = 100Gb

Nota: Esto el límite incluye límites físicos y memoria virtual, por lo tanto, configurar _MAX_VSIZE = 16 Gb en una máquina con 16 Gb de memoria física puede no evitar este error. Es posible que necesite utilizar este parámetro, dependiendo de las especificaciones de su computadora

(Referencia: /1587330.html)

Construya una matriz de expresión con nombres de filas para nombres de genes y nombres de columnas Mantenga la información del nombre de la fila (nombre del gen) y del nombre de la columna (nombre de la muestra) para los nombres de las células

Los números en la matriz son cadenas y se convierten en valores numéricos.

Agregar información de muestra antes del código de barras del nombre de la columna

Guardar la matriz

Volver a importar

Método 1: crear dos matrices objeto Seurat por separado y luego fusionarlo

Método 2: fusionar dos matrices y luego crear un objeto Seurat

Fusionar las matrices fila por fila. Fusionar

Crear objeto Seurat

Utilice filezilla para transferir a la computadora y Rstudio para manipulación.