¿Es necesario que los dos programas del microcontrolador de un sistema sean iguales?

Por supuesto que es diferente. Los diferentes controladores de microcontrolador pueden ser iguales o diferentes.

Depende de lo que significa "diferente". Si son diferentes tipos de microcontroladores, los métodos de programación deben ser muy diferentes. Por ejemplo, 51, AVR y PIC tienen diferentes estructuras y sistemas de instrucción, y los mismos. Los métodos de programación también deben ser diferentes. Pero para "diferentes" en la misma categoría, los métodos de programación son básicamente similares, como STC, AT, Winbond, etc., también en la categoría 51.