¿Por qué cambié el valor de m_pCtrlSite de mi objeto puntero CWnd después de usar la función Suspender?

El problema radica en GetDlgItem.

El CWnd* devuelto por esta función se genera usando CWnd::FromHandle.

Si la ventana devuelta no es un CWnd clase u otros objetos de clases derivadas,

Esta operación devolverá un objeto temporal,

y este objeto temporal será borrado por la función DeleteTempMap cuando el hilo principal esté en OnIdle.

Si debes usarlo de esta manera, puedes crear un objeto para cada control y no habrá problema.