¿Cuál es la diferencia entre microcontrolador y software?...

MCU pertenece al desarrollo de sistemas integrados

En pocas palabras, controla el chip, que está orientado al hardware. Dependiendo del chip, el contenido de programación también es diferente

Exactamente porque está orientado al hardware, se dice que no existe un sistema operativo.

Lo que ahora es popular es la programación en lenguaje C, y la programación ensambladora es más problemática.