El elenco de La Leyenda de Indiana Jones 2: El Palacio Mágico
Lucas no quería que los nazis siguieran apareciendo, por lo que hizo de esta película una precuela de "En busca del arca perdida". El guionista de "En busca del arca perdida", Lawrence Kasdan, se negó a escribir el guión de la película. Después de enterarse de que Kasdan no tenía esperanzas de unirse, Lucas invitó a los guionistas Willard Huyck y Gloria Katz, que entendían la cultura india, a crear juntos. Más tarde, los tres se inspiraron mucho creativamente en "El sonido del latido de las berenjenas en un templo antiguo" de 1939.
A principios de 1982, Spielberg, Lucas y los dos guionistas discutieron sobre ello durante cuatro días. Lucas originalmente tenía la intención de que una joven princesa se convirtiera en compañera de Jones, pero los otros tres estaban disgustados por su idea. En mayo del mismo año, Lucas entregó a Herjuk y Katz un plan de rodaje de 20 páginas, que incluía la pelea en Shanghai, la fuga en el avión y la persecución de la cosechadora, escenas que fueron eliminadas del primer episodio. El presupuesto de rodaje de "En busca del arca perdida" es de 2.865.438 dólares + 7.000 dólares estadounidenses, 8 millones más que el de "En busca del arca perdida". El rodaje comenzó en Kandy en abril de 1983 y el equipo regresó a los estudios Elstree en Hertfordshire, Inglaterra, el 5 de mayo para continuar el rodaje. El 80% de la película se rodó en estudios y el equipo construyó una gran cantidad de decorados que ocuparon 8 de los 9 estudios de Elstree Studio. Entre ellos, el más grande es la escena de la invasión de insectos.
Para poder cantar y bailar en la película, Kate Capuchiot, que interpreta a Willy, estudió seriamente mandarín estándar y claqué. Sin embargo, durante el proceso de filmación oficial, Capshaw no pudo actuar porque su vestido era demasiado ajustado y un elefante se lo tragó. El director de arte de "En busca del arca perdida", Norman Reynolds, participará en el rodaje de "Star Wars Episodio VI: La venganza del samurái", por lo que los productores invitaron a su mentor Elliot Scott para crear la película. Para construir el puente colgante de la película, el equipo también recurrió a ingenieros que construyeron una presa cerca del estudio.
Todas las escenas del puente colgante se rodaron en tres continentes. Entre ellos, el verdadero puente de cuerda se construyó en Sri Lanka, y la escena en la que Jones cortó el puente de cuerda también se filmó localmente; la escena en la que el puente de cuerda estaba suspendido del acantilado y la gente colgaba del puente se filmó en Elstree Studios; en Londres. La escena del caimán al final del puente colgante se rodó en Florida.
Durante el proceso de rodaje, Ford sufrió accidentalmente una hernia de disco lumbar debido a un accidente mientras montaba en elefante. El 21 de junio, Ford, que estaba gravemente enfermo, tuvo que ser trasladado en avión al Hospital Santinyera para su rehabilitación y Lucas tuvo que suspender el rodaje.
Dado que era imposible rodar en China continental, el equipo decidió rodar las escenas de Shanghai en Macao. Durante este período, el fotógrafo Douglas Slocombe tuvo fiebre alta y no pudo trabajar, por lo que el rodaje tuvo que interrumpirse durante otras dos semanas. A pesar de esto, gracias a los incansables esfuerzos de Spielberg, la película se completó a tiempo y dentro del presupuesto establecido.