¿Qué es un valor RIN?
El valor RIN, el índice de integridad del ARN, es un parámetro desarrollado por Agilent y representa la integridad del ARN en forma digital. A menudo aparece en informes de pruebas de muestras de secuenciación de alto rendimiento y se utiliza para medir la calidad del ARN extraído de la muestra. Para conocer el valor de RIN, primero es necesario conocer la proporción de 28S y 18S; La proporción de 28 y 18: 28S y 18S son las dos subunidades principales del ARN eucariota (ARN ribosómico). La banda de electroforesis de una muestra de ARN con buena integridad debe estar por encima de 28S y por debajo de 18S. El brillo de 28S es el doble que el de 18S. . La muestra de ARN teóricamente no degradada es 28s/65438+. Sin embargo, durante el proceso real de muestreo y extracción, el ARN puede degradarse de varias maneras, lo que se refleja en la reducción de la proporción 28S/18S en la banda de electroforesis. Anteriormente, los investigadores habían utilizado la proporción de ribosomas como un valor característico en el bioanalizador; Software que caracteriza la integridad del ARN en análisis de gel. Sin embargo, a menudo resulta inexacto evaluar la integridad del ARN únicamente mediante la proporción de ribosomas del ARN total. El sistema bioanalizador Agilent 2100 puede evaluar mejor la integridad del ARN al mostrar una imagen detallada de la distribución del tamaño de los fragmentos de ARN (que se muestra a continuación).
Nota: Las muestras de ARN total se degradaron en diferentes momentos y las muestras resultantes se analizaron utilizando el método de nanoanálisis de ARN total eucariótico en el sistema bioanalizador Agilent 2100. A medida que avanza la degradación, se puede observar un cambio hacia tamaños de fragmentos más cortos. La degradación del ARN es un proceso gradual. A medida que avanza la degradación, la proporción de la banda ribosómica 18S/28S disminuye, mientras que la señal de referencia entre los dos picos ribosomales y el estándar interno inferior aumenta (Figura 1). El indicador del valor de integridad del ARN (RIN) sirve para clasificar la calidad total del ARN de los eucariotas en función de todo el patrón de electroforesis. El rango del valor de RIN se establece entre 1 y 10, donde 1 representa la degradación más grave y 10 representa la más completa. Esto ayuda a interpretar patrones de electroforesis, permite comparaciones entre muestras y garantiza la reproducibilidad experimental. Para obtener más detalles, consulte la nota de aplicación de Agilent en: /view/90 ab7b 29370 CBA 1a 814431b 90 D6 c 85 d3a 887 html.
Las bandas objetivo son 28S, 18S, 5S en muestras animales, 25S, 18S, 5S en muestras vegetales, 18S, 5S en insectos y moluscos, y 23S en procariotas.
Así que los datos de Agilent 2100 de diferentes especies muestran una pequeña diferencia, principalmente la diferencia entre 25S y 23S.
El gráfico de electroforesis ideal puede mostrar la siguiente información: área frontal, área 5S, área rápida, área media, área precursora y área trasera, así como tres picos estándar imponentes: pico 18S y pico 28S.
El gráfico de resultados actual de Agilent 2100 es el siguiente: He marcado los indicadores más importantes en el gráfico, que deberían parecer más intuitivos.
La secuenciación de alto rendimiento tiene altos requisitos para las muestras, pero eso no significa que las muestras no puedan degradarse un poco. Generalmente, una ligera degradación está en línea con los requisitos de la computadora. Por ejemplo, en la secuenciación del transcriptoma, los estándares específicos para los valores de RIN de muestra son los siguientes: animales: RIN ≧ 6,3; plantas y hongos: RIN ≧ 5,8, línea de base plana (sin software, etc., 28); La calificación de la muestra depende no solo del valor RIN, también depende de otros indicadores. Bien, eso es todo por el valor RIN de hoy. ¡Les deseo una nueva semana fructífera!