¿Por qué los cebadores de PCR determinan el tamaño de los fragmentos sintéticos?

Dado que hay tres enlaces de hidrógeno entre GC y sólo dos enlaces de hidrógeno entre AT, cuanto mayor sea el contenido de GC, mayor será la energía necesaria para abrir los enlaces de hidrógeno, lo que significa mayor será la temperatura de recocido. La temperatura de recocido de PCR es una estimación de Tm basada en el contenido de GC

Descripción detallada del submaterial:

Los cebadores de PCR deben mantener un contenido de GC razonable. El valor de Tm de una cadena de oligonucleótidos de 20 bases que contiene 50 G C es de aproximadamente 56-62 °C, lo que proporciona suficiente calor para un recocido eficiente. El contenido de GC y los valores de Tm de los pares de cebadores deben coordinarse entre sí. Los pares de cebadores mal coordinados son menos eficientes y menos específicos porque una disminución de la Tm da como resultado una pérdida de especificidad. En este caso, cuanto mayor sea el valor de Tm del cebador, mayor será la posibilidad de una activación falsa. Si la temperatura de recocido es demasiado alta, es posible que los pares de cebadores con valores de Tm más bajos no funcionen en absoluto. La coordinación del contenido de GC y los valores de Tm es fundamental al seleccionar nuevos pares de cebadores de un lote de oligonucleótidos sintetizados dentro de un rango de secuencia específico. En términos generales, la diferencia entre los valores de Tm del par de cebadores no debe exceder de 2 a 3 grados Celsius, y los valores de Tm del cebador y del producto no deben diferir demasiado, preferiblemente dentro del rango de 20 grados Celsius;