En marzo de 1936 se convirtió en general de reserva. En el mismo año, con la operación activa de la Armada, fue transferido y nombrado Gobernador de Taiwán 17 el 2 de septiembre. Antes de la era Showa, los gobernadores de Taiwán habían sido durante mucho tiempo funcionarios públicos y el nombramiento de Kobayashi se consideraba una excepción. Cuando estuvo en el poder, gobernó la provincia de Taiwán basándose en los tres principios de civilización, industrialización y sur de Taiwán. Acontecimientos importantes durante su mandato: En 1936 y junio de 2011, se estableció la Taiwan Provincial Colonization Co., Ltd., una empresa conjunta entre el gobierno y el sector privado, que desarrolló principalmente terrenos baldíos, inmigró japoneses a la provincia de Taiwán y ayudó a Japón a colonizar Nanzhi y Nanyang. , desarrolló la industria y cooperó activamente con Xiamen, la isla de Hainan y otras áreas ocupadas por los japoneses; promovió vigorosamente el Movimiento Popular Imperial y abolió por la fuerza la columna china del periódico provincial de Taiwán que recompensaba a los taiwaneses por cambiar sus nombres japoneses prohibidos; muestra; abolió las costumbres del calendario lunar en la provincia de Taiwán, pero los taiwaneses tomaron fotografías. Los japoneses designaron el quinto día del calendario lunar como Semana del Trabajo, fueron activamente a la provincia de Taiwán para realizar visitas forzadas a los santuarios; la Academia Sínica; estableció el Instituto de Investigación de Medicina Tropical; construyó campos experimentales agrícolas; inició la construcción del puerto de Keelung; estableció parques nacionales (Datun, Taroko, Alishan). 1940 165438 Dimitió en octubre y posteriormente fue nombrado general activo Hasegawa Ito.
Después de dimitir en junio de 1940 (Showa 15) y junio de 2011, Masaki fue considerado un confidente por Saburo Tai y Yoshiten Shige, y el candidato de Kobayashi a primer ministro fue rechazado por el grupo de gendarmes hostiles del primer ministro Tojo. Se consideran deambular. En 1944, fue elegido miembro de la Cámara de los Lores y fue elogiado como presidente de la Asociación Política. En febrero de 65438, fue nombrado Ministro de Estado en el gabinete Zhao de Xiao Aisuo (dimitió en marzo del año siguiente). El 2 de febrero de 1945 65438, tras la derrota de Japón, fue acusado de ser sospechoso de criminal de guerra y entró en la prisión de Woya, pero fue liberado el 2 de junio del mismo año 65438. Dimitió como miembro de la Cámara de los Lores en 1946. Hay una biografía de Makoto Kobayashi y un libro sobre el almirante Makoto Kobayashi.